Als Verbundinstitut ist die Virtuelle Hochschule Bayern (vhb) dezentral angelegt. Die Organisations- und Entscheidungsstrukturen veranschaulicht das Organigramm.

Über die Mitgliederversammlung wirken die Trägerhochschulen an Grundsatzentscheidungen der vhb mit.

Die strategische Programmgestaltung sowie die Qualitätssicherung des vhb-Angebotes sind Hauptaufgaben des dreiköpfigen Präsidiums, das in der Planung und Koordinierung der Lehr- und Lernangebote von einer achtköpfigen Programmkommission unterstützt wird.

Die vielfältigen administrativen Aufgaben der vhb erledigt die Geschäftsstelle mit Sitz in Bamberg. Neben der Unterstützung der Gremien widmet sich die Geschäftsstelle u.a. den Aufgaben, die mit der Bereitstellung und Entwicklung des Lehrangebotes zusammenhängen, der Studentenverwaltung und insbesondere der administrativen Seite der Förderung neuer Lehrangebote.